Fakulta zdravotnických studií byla ustavena 1. 3. 2012 na základech dřívějšího Ústavu zdravotnických studií. Jeho vznik v roce 2003 byl podmíněn novými oborovými požadavky na vzdělávání, spojenými se vstupem ČR do EU a požadavky zdravotnických pracovišť regionu. Terciární vzdělávání plynule navazuje na koncepci edukačního procesu zdravotnických oborů. Umožňuje získat způsobilost k výkonu nelékařských zdravotnických povolání a k výkonu činností souvisejících s poskytováním zdravotní péče. V prvních letech své existence ústav spolupracoval s vyššími odbornými zdravotnickými školami ústeckého regionu, využíval jejich prostorové, byla rozvíjena i spolupráce v oblasti personálního zajištění výuky jednotlivých oborů. V roce 2008 na základě nově stanovené strategie budování Ústavu zdravotnických studií UJEP byly vedením univerzity ukončeny smlouvy o spolupráci s jednotlivými vyššími odbornými školami a v návaznosti na přestěhování Fakulty užitého umění a designu UJEP do Kampusu, byla pro potřeby Ústavu zdravotnických studií UJEP od akademického roku 2008/09 uvolněna budova v ul. Velká hradební 13 v Ústí nad Labem. Tento krok byl pro další budoucnost ústavu zásadní, jednak umožnil centralizaci výuky a dále budování ústavu jako součásti UJEP s těsnou vazbou na Masarykovu nemocnici v Ústí nad Labem.