Společně se vznikem Slezské university v Opavě 17. září 1990 byl, jako součást její Filozofické fakulty v Opavě zřízen také Ústav matematiky. Současně s Filozofickou fakultou, která byla později přejmenována na Filozoficko-přírodovědeckou fakultu, vznikla také Obchodně podnikatelská fakulta v Karviné. Matematický ústav se díky kvalifikovanému personálnímu obsazení velmi rychle rozvíjel, a proto zde bylo, vedle bakalářských a magisterských matematických oborů odborného i učitelského studia, již v roce 1994 akreditováno doktorské studium Matematické analýzy a v roce 1995 právo konat habilitační a profesorská řízení. V roce 1997 bylo zřízeno doktorské studium druhého oboru - Geometrie a globální analýza. Od 1. ledna 1998 se ústav rozdělil na Ústav matematiky a Ústav informatiky FPF SU. S účinností od 1. ledna 1999 došlo k osamostatnění Matematického ústavu, který je nyní, v rámci Slezské univerzity, samostatným subjektem a jeho postavení je rovnocenné s jejími fakultami. Matematický ústav nabízí možnost studia bakalářského, navazujícího magisterského a doktorského studijního programu Matematika. Je oprávněn uskutečňovat rigorózní řízení, doktorská studia a habilitační a profesorská řízení v matematických oborech.